Правильное решение отдать бухгалтерию на аутсорс, особенно для молодой IT компании, где руководитель должен на продукте фокусироваться, а не на отчетах. Бухгалтерия вообще отдельная история со своими нюансами, законы постоянно меняются, легко ошибиться и получить штрафы от налоговой. В Питере много компаний которые специализируются на бухгалтерском сопровождении малого бизнеса. Смотри чтобы работали с IT сферой, там есть специфика по налогообложению и отчетности.